Эволюция гипертекстовых систем тесно переплетена с исследованиями, разработками, изобретениями в области человеко-машинного интерфейса. Иконки, кнопки, оконные интерфейсы, манипуляторы типа мышь и многое другое изобрели люди из гипертекстового сообщества.

Проектирование интерфейса в значительной степени сводится к ответу на вопрос: как пользователь может распознать связь (каково ее визуальное представление) и как эту связь можно активизировать?

Когда связь распознана и выбрана, осуществляется прыжок к новой информации. Такой мгновенный переход – новое качество чтения; оно не привычно для человека. Читатель журнала, например, встретив ссылку (или цитату) на другую книгу или статью, не бросает чтение, а доводит его до конца и лишь потом возвращается к ссылке. По ней он отыскивает в библиотеке работу, на которую ссылались. В гипертексте переходы по связям ведут к поиску в глубину с растущей стопкой (стеком) отложенных статей, к которым надо будет вернуться. При этом мощность (толщина) стека вырезок из разных контекстов смысловых блоков ничем не ограничена, в то время как оперативная память человека ограничена известным законом «пять плюс (минус) два объекта». В конце концов, каждый пользователь вырабатывает для себя удобные способы путешествия по гипертексту, но проблему это не снимает.

После нескольких переходов по связям у пользователя теряется контекст исходной информации. Он забывает, откуда стартовал, куда и, главное, зачем двигается. Быстрая дезориентация пользователя – существенный недостаток гипертекста.

Вторая сложность – опасность когнитивной перегрузки. Она связана с тем, что процесс чтения сопряжен с множественными двигательными действиями пользователя, причем разного типа. Где-то он должен воспользоваться клавиатурой, где-то достаточно последовательных кликов мышью, где-то он должен активизировать поиск, а где-то включить визуальное поисковое внимание. Он должен находить, выбирать, выделять и активизировать связи, ждать реакции системы, пока совершаются переходы, возвращаться назад, искать окно, с которого началось ветвление.

Кроме того, система, как правило, подгоняет пользователя, это приводит к тому, что некоторая информация не читается, а сохраняется на жестком диске, или же ее адрес фиксируется в папке «Избранное», а чтобы информацию потом можно было найти, необходимо ее как-то обозначить, т.е. классифицировать. Впрочем, задача классификации решается и при элементарном формировании поискового запроса.

Иными словами, пользователь оказывается постоянно вовлеченным в сложнейшие когнитивные процессы: классификацию, систематизацию, распознавание образов, что, собственно, и может вызвать такого рода утомление.

Таким образом, введение в обычный текстовый формат гипертекстовых (перекрестных) связей увеличивает функциональность системы по сравнению со случаем статично-линейного текста. Однако некоторые особенности гипертекстовых систем делают написание гипертекста тяжелым трудом, а сам гипертекст – трудным для восприятия.